3行でわかる終わりの始まりを、君と一緒に。
東京上空に突然出現した、卵の形をした謎の巨大物体。それには「99」と表示されており、18時間ごとにカウントされていた。学校で美少女として人気の伊佐美永遠のことが気になっていた桐賀は、卵の話で盛り上がり仲良くなる。そして、カウントが0になる瞬間を二人で見に行くが・・・。
卵から出てきたのは、巨大な怪物だった。そして首都圏は壊滅し、伊佐峰は救助に来たヘリコプターから落下することで、行方不明になってしまう。なんとか人類は兵器を使うことでその怪物を退治するが、犠牲者は3000万人規模にまでになり、さらに「999」と表示された卵がまた上空に現れる
桐賀は、怪物と対抗するための学校で訓練をしていた。そこに、伊佐峰にそっくりの女性が現れて・・・？謎の生物との戦いを未来に待ち受けている人類はどうなるのか？
